彩虹历4020年，异族入侵，魔物横行，彩虹岛世界陷入危难之中。
承载着人类希望的勇者美少女”爱丽丝”与她的伙伴们，为了使彩虹岛世界恢复和平，她们踏上了征途，前往遥远的亚特兰蒂斯遗迹，击败正要破解封印而出的魔王。
与魔王大战之下，爱丽丝虽然在最终一刻爆发出了前所未有的巨大能量击败了魔王，但也受到了难以痊愈的重大伤害，同时她也察觉到了世界危难的源头并非魔王，而是异族的阴谋，但此时的爱丽丝已经没有力量去阻止，她用自己最后的力量将意志附着于陨石中，散落于世界各地。
“魔王并非是让世界陷入黑暗的源头，是异族！”
这一夜，无数彩虹岛中的人们梦到了爱丽丝的警示，同时彩虹岛的各处也出现了无数的神秘石塔。彩虹岛中的青少年全部出动，通过石塔中提供的线索，寻找爱丽丝，拯救彩虹世界。
