2003年，伊莱亚斯背叛了暗鸦组织，偷走核心数据，投靠了衔尾蛇组织。这个消息像一颗炸弹，在暗鸦组织内部引起了轩然大波。很多研究员感到恐慌，甚至有人提出退出组织。
埃莉诺拉临危不乱，立刻召开紧急会议。她站在讲台上，眼神锐利，语气坚定：“伊莱亚斯的背叛，让我们遭受了巨大的损失。但这也让我们看清了他的真面目。现在，我们面临着前所未有的危机，但我相信，只要我们团结一心，就一定能度过难关。”
她的话语，稳定了人心。接下来，埃莉诺拉重新调整了组织的结构，加强了防御系统，同时加快了研究进度，试图在法老之前，完成“基因修复工程”的最终研发。
但法老并没有给他们太多时间。2005年，衔尾蛇组织对暗鸦组织展开了终极报复，双方在大西洋的废弃油井上展开了一场惨烈的对决。
战斗中，苏景明启动了光启核心，却被伊莱亚斯的基因炸弹击中，陷入昏迷；艾琳为了保护大家，被火光吞噬；埃莉诺拉带着少数队员，艰难地逃离了战场。
看着曾经的伙伴生死未卜，看着亲手建立的组织毁于一旦，埃莉诺拉的心里充满了痛苦与绝望。她逃到了非洲的一个偏远小镇，隐姓埋名，试图忘记过去的一切。
但她做不到。每当夜深人静，她就会想起艾琳的笑容，想起苏景明的温和，想起暗鸦组织的点点滴滴。她知道，自己不能就这样放弃，她要重建暗鸦组织，为艾琳和苏景明报仇，完成他们未竟的事业。
2006年，埃莉诺拉重新出山，开始重建暗鸦组织。这一次，她变得更加冷酷、更加偏执。她不再相信任何人，凡事都亲力亲为；她采用高压统治，对组织成员严格要求，甚至不惜使用极端手段；她将“复仇”和“完成光启计划”作为组织的唯一目标，为此不惜一切代价。
在埃莉诺拉的带领下，暗鸦组织迅速壮大。她吸纳了一批有才华却也同样偏执的研究员，研发出了更强大的基因武器；她培养了一支精英行动小队，专门对付衔尾蛇组织和守望者极端派；她在全球范围内建立了多个秘密基地，形成了庞大的情报网络。
渐渐地，埃莉诺拉成为了基因领域令人闻风丧胆的“暗鸦女王”。她的名字，代表着冷酷、强大和不择手段。很多人害怕她，敬畏她，却没有人知道，在她冷酷的外表下，隐藏着一颗痛苦、孤独的心。
这些年，埃莉诺拉一直没有放弃寻找苏景明的下落。她派出了无数人手，在全球范围内搜寻，却始终没有消息。她也一直在追查法老和伊莱亚斯的踪迹，与他们展开了无数次激烈的战斗。
在一次与守望者极端派的战斗中，埃莉诺拉遇到了星尘。星尘是守望者极端派的核心成员，也是一个基因实验的受害者。他的母亲死于非法基因实验，这让他对所有基因组织都充满了仇恨。
埃莉诺拉看到星尘，仿佛看到了曾经的自己——同样的痛苦，同样的偏执，同样的被仇恨驱使。她没有杀他，而是将他带回了暗鸦组织，试图将他培养成自己的接班人。
“星尘，仇恨不能解决问题。”埃莉诺拉看着星尘，语气复杂，“我们真正应该做的，是完成光启计划，让基因技术造福人类，让那些像你母亲一样的受害者，不再遭受痛苦。”
星尘看着埃莉诺拉，眼神中充满了迷茫。他不知道，自己的选择是否正确，也不知道，埃莉诺拉的话是否可信。但他知道，埃莉诺拉是唯一能给他力量，让他复仇的人。
在埃莉诺拉的培养下，星尘的实力飞速提升，成为了暗鸦组织的二号人物。但埃莉诺拉也渐渐发现，星尘的野心越来越大，他并不满足于只是埃莉诺拉的接班人，他想要掌控暗鸦组织，甚至想要掌控整个基因领域。
埃莉诺拉开始警惕星尘，暗中削弱他的权力。两人之间的矛盾，渐渐浮出水面。
