蓝月心，一个平常的少女，体内却蕴藏着无穷的力量。暑假去祖母家度假，却无意拣到一个“宠物”，这让她平淡的生活不在平静。平淡的生活从此是不无聊了，可是随之而来的除灵工作却让她苦不堪言。还有，原来身边的宠物是一个绝妙女子，但她似乎有着不为人知的过去。一次偶然捡到的会放光的石头，带来了自己扑朔迷离的身世。院中干枯的水井忽然冒水了，无意中的碰触，把蓝月心带到了一个陌生的地方。这里是星月王国，伴随着少女的到来，这个陌生的世界开始动荡起来……
番外
一些零碎的小故事，有的交代了正文中没提到的事
第一卷摇曳的黑蝶
拥有强大灵力的少女蓝月心从小和奶奶凌澜生活在一个古老的小镇上，6岁时的月心被送到外地上学，每年放假时便会回到小镇上。16岁那年的暑假，再次回到小镇上的月心遇到了一个黑衣女子，伴随着黑衣女子的委托，一个凄凉的故事被月心知晓，世上男子多薄情，妖却比人更多情。月心答应了黑衣女子，故事由此展开……
第二卷玄河之岸，虚海之滨
暑假仍在继续，小镇上似乎有些不安宁，玄河边似乎隐藏着什么。院中的枯井冒水了，无意中的碰触，月心被带到了另一个世界的海边，自己原来有个不寻常的身份，为了完成使命，月心又一次来到了原来的世界……魔法少女月心，第二卷开始。
第三卷盘龙之山，迷雾之说
国外的母亲蝉羽回来了，还把月心带回了老家，母亲的家人竟然住在一个深山里的村子上。莫名其妙的，月心竟成了龙隐村的守护巫女，先是被强迫当上小国主，接下来又被母亲算计，这是什么世道。山上有个地下山洞，夏天很是凉爽，可是因为某个原因，没有人敢去，不甘寂寞的月心开始了新的探险……
第四卷紫之眸，心之择
在星月国短暂的逗留了几天，月心又回去了。当她再次回到Z城，芙蓉的变化很大，水镜告诉了芙蓉水家的使命。芙蓉选择了担当起保护星月国的责任。假期里，在月心奔波的同时，芙蓉也在母亲的帮助下激发了自己的潜能，现在的她布置结界，预见都有了一定的进步。新学期开始，一个紫眼的男生加入到月心所在的班级。月心发现，这个男生就是自己在玄河边见过的那一个。同时，城市里不安份起来，各种怪谈纷纷涌出。怪谈的背后，隐藏着什么。新的故事由此展开……
第五卷希望之翼，永恒之光
为了救回被带走的月心，芙蓉和十二地支来到了星月国。另一方面，月心不再为奶奶的离去，小狐的陌生而迷茫。力量被封印了，圣石被夺走了，但是月心没有放弃属于自己的战斗。圣石的负面力量渐渐处于主导地位，如何才能净化圣石？一次意外，多年前的景象浮现在眼前。接下来面临的抉择，究竟该怎么办？天空中的月芽变成了红色，一连几天，快满月了，依然是红色的月亮。这种奇怪的现象又意味着什么？最后的战斗渐渐接近。《魔法少女月心》，最终卷，正式登场。
前传 蔷薇之心
诺亚大陆，星月王国，从小喜欢野蔷薇的少女面对即将而来的继位仪式不由得心慌，想起流传已久的关于虚海的传说，少女跳入虚海，来到了一个陌生的国度。这个国家人的装饰和自己的那个世界很像。在一个无人敢居住的大宅中，少女住了进去，并多次帮人们解决了灵异事件。继位的时间越来越近，少女苦着脸却不得不面临着自己的使命。在看到人们被怪物残忍的杀害时，少女接过了象征王的圣石，呼唤出了银剑。然而，这一切不过是序曲，更多的事情接涌而来。少女的命运如何，一切尽在《魔法少女月心前传》中，蔷薇公主的故事。
外传 穿梭的两岸
月圆之日将至，本来身体就不如从前的月心胸口忽然疼痛起来。
“虚海会再次出现。”
穷奇在梦中出现的话再次回响起来。
月圆之夜，被什么东西指引了的月心来的虚海消失的地方。干枯的地方竟然涌现出消失了的虚海。
两个世界会在此连接吗？究竟发生了什么？
