背景：
公元2012年12月21日 审判日，地球上的人类全体陷入了某种不明原因的昏迷当中，并且只有不到30%的人类从昏迷中苏醒了过来，人类陷入了灭亡的边缘。
克罗旭线：
公元2110年，某夏日夜晚，名为克罗旭的少年从病房中苏醒，发觉自己失去了记忆。次日于自己的姐姐克罗明相认。出院后因为发觉世界和自己所知道的世界不一样而导致精神混乱並目睹了似乎是猎奇杀人现场而再次昏迷。当日晚又一次的遇到了身份不明的超能力着的暗杀，杀手最终被克罗明用枪杀死 。
一个星期以后，在游乐园得知了自己失去记忆的可能的原因並再次遇到“真实幻象”杀手，事件最终因为“反宏观量子现象”的发生而不了了之。
接着，克罗旭入学並接受夜鸟的保护，加入“游戏研究与开发”社团。并于入学的当天下午遭遇了名为“概率杀手”的追杀。因为韩凌雪的帮助顺利使杀手自杀，事件结束。
（恩……总之就是不停地遭遇杀手就是了……）
欧文线：
公元2110年，某个星期天，隶属“反超能力一科，特别行动队”的欧文接受了一个“去东部山区寻找某物”的任务，然后与名为米娅·克罗西亚的少女相遇了。在发觉这就是他这次任务目标以后，发觉已经有其他的组织试图夺取这名少女。一系列事件以后，成为了米娅名义上的监护人，并且米娅搬到了他公寓的隔壁。然后米娅也加入了反超能力一科的特别行动队。
一个星期以后，欧文再次接到了一个任务，不过这次的目标是一只猫……任务途中，米娅在环城线上发现了一个形迹可疑的有着“空间移动”能力的人，借助了这次因为这次任务而提供的“同步轨道全息监视系统”的帮助下，抓住了那个形迹可疑的人並最后找到了那只猫。（怎么感觉找猫反而不是任务的重点了……）然后，欧文发觉这只猫竟然可以知道自己在想什么，并且还会说话……并且米娅因为认识这只猫并且想要保护于是准备向上级隐瞒去寻找夜鸟将欧文丢在了一旁。
当天下午，被米娅抓住的那个形迹可疑的超能力者在医院连同病床一起被切成两半，欧文被告知是有着罕见的“空间重叠”能力者做的，并且很可能就是一个星期前的那次任务当中遇到过的其他组织的某个成员。然后接受了记忆提取。
第二天中午起床后遇到了变成了人类少女模样的“黑猫”，然后陪同米娅去自动取款机取钱，遭遇奇怪的人，吃完饭回家以后接着得知了“黑猫”的正体其实是“灵体生物”。
然后受到了本应去游乐园的科长的紧急求助信号，在赶往途中却突遇“反宏观量子现象”从空中坠落，陷入昏迷。坠落的时候恰好击中“概率杀手”，并因此捡回一条命。“概率杀手”死亡。
晚上“反宏观量子现象”结束，被韩凌雪强制叫醒去寻找失踪的米娅，然后发觉夜鸟被打败，米娅再次失踪。
回到家里以后遭遇黑猫，得到了米娅现在就在夜鸟家隔壁的情报。
最终，进入了似乎一个人都没有的建筑内，遭遇“魔法”的攻击。成功击溃了防御的魔法以后来到地下室，击败了有着“电路控制”的超能力者，救出了被关在“魔力禁区”的米娅。
（后续剧情……那个……这已经是剧透了啊……更何况我还不知道后面发生了什么呢……）
夜鸟线：
同样隶属“反超能力一科，特别行动队”同欧文一起参与了寻找米娅的事件，结束以后其妹妹夜神缘来到学院都市。
一星期以后，其父遇车祸死亡。夜鸟成为了夜神家的家主。知道这个消息的时候，接到上面发出的寻找猫的任务。将任务委派给欧文和米娅完成的夜鸟发觉了“同步轨道全息监视系统”的一个小时的数据丢失。下午接到了米娅的电话，然后其妹妹发觉了米娅是“来自另一个世界”的人，并且很可能和父亲的死有着关系，这个惊人的事实。
然后米娅对夜鸟和夜神缘讲述了自己的身世，并告知了学院都市可能在进行的某项名为“World-Gate Project”大量杀人的研究计划。
夜神缘入侵“同步轨道全息监视系统”，重建了丢失的一个小时的数据，寻找到了某个嫌疑人，然后被米娅指出那是她上午所抓到的形迹可疑的人。但是当夜鸟打电话询问科长的时候却被告知那个人已经死了。
然后经过了一下午的调查，夜鸟锁定了可能的几名犯罪嫌疑人，第二天一早就去调查了。发现了一个监控录像中出现却说自己根本没有去过那动建筑的人。将其作为重要的证人由夜神家保护起来以后，夜鸟收到了来自科长的紧急求助。同妹妹一起到了游乐园以后，发觉事情已经结束了。
然后后知后觉，发觉了“反宏观量子现象”的出现。
现象出现不久以后受到了上面发出的任务——要“回收”米娅。
感觉到学院都市上层的黑暗的夜鸟作出了让米娅假装打晕自己然后同妹妹一起离开学院都市的计划。但是米娅却在超能力消失的状况下使用魔法差点杀掉了夜鸟使得计划被完全破坏。
夜鸟苏醒以后被告知米娅已经失踪并且“同步轨道全息监视系统”无法运作，还有其他三个知道米娅的组织已经联手，正在寻找着米娅的踪迹。并且同时得知“反宏观量子现象”其实也是一个超能力现象
于是夜鸟开始寻找米娅。
最终在私人机场找到以后遇到了其他的组织，然后米娅中枪。“反宏观量子现象”正好消失，夜鸟将开枪击中米娅的家伙的脑袋打碎了……
然后惊人的发现，米娅竟然还有着“不死”的能力。
接着在回程的路上，遇上了“真实幻象”和“电路控制”，米娅发动奇怪的魔法阵消除了幻觉，然后昏迷。夜鸟却被穿着“外骨骼”的“电路控制”打败，带走了米娅……
（这个是悲剧啊……）
To Be Continued...
