——曾几何时，幻想乡并不是现在的这个样子，当时，少女们同样飞翔在天空，却没有白色的航迹云，同样是漫天的弹幕，但是却没有今天的爆炸与硝烟。
一切，都在那一天改变了，本以为人类和妖怪联手被控制下来的间歇泉，突然有一天毫无征兆的爆发了，被封印在地下的妖怪们几乎全灭，只有地灵殿的古明地姐妹，以及她们的宠物幸存。
这还不是最糟糕的事情，间歇泉冲破地表的时候，夹带的某种奇怪的灵力，给整个幻想乡带来了令人惊惧的异变——除了天生有着不受任何力作用的能力的博丽灵梦之外，幻想乡的少女们全部失去了飞行的能力，所有的人，都被束缚在了地面之上。
一时间，恐慌疯狂的蔓延，习惯了飞翔的少女们，无法适应被束缚在地面的生活，猜疑很快便扩展开来——每个人都被当做了异变的元凶，幻想乡，陷入了可怕的内乱。
最终，以博丽神社为首，由红魔馆，白玉楼，迷途之家，永远亭，人类之里组成的博丽联盟，以及守矢神社，地灵殿，命莲寺组成的守矢联合，成为了幻想乡相互对立的两大势力——幻想乡被生生分成了两半。从那时候开始，幻想乡在很长的时间之内，不幸的沦为了疯狂的战场……
但是，疯狂过后，人们悲哀的发现，战争除了平添无数难以抚平的伤痛和仇恨，什么也没有改变，异变没有被解决，少女们依然无法飞翔……
直到河童们悄无声息的制造了一台简陋的喷气式飞机，并且在鸦天狗的操纵下，重新取回了幻想乡的天空，紧接着，在香霖堂提供的外界技术支持下，幻想乡的战机技术一跃千里，取得了长足的发展。似乎，少女们再度飞翔于天空，似乎已经不再是梦想了……
可惜，战争留下的伤痕，让幻想乡的天空，已经不再明朗了，这片天空，注定将衍生出更多的纷争……
取回了翅膀的少女，再次投入到了优雅不再的战斗之中，为了在这片天空之下，不得不守护的那些东西……
而从那一天起，人形使爱丽丝·玛格特罗伊德，就再也没有见到魔法使雾雨魔理沙。
