【Stage4——宙斯气象站】
Alia：“X，能听见吗？问题似乎出在气象塔顶的导航器，必须前往那边把导航器关掉，另外，路上会有堕雷，请小心。”
（Mission Start）
（冒着暴雨和堕雷，前进一段路之后，遭遇中BOSS：龙卷风，打败它后暴雨小了，但堕雷却还在，
小心前进，找到宇宙装甲（Astro Armor）的手部配件）
Light：“X，老朽最后的希望啊，无论何时，请相信并保护人类吧，人类对于Repliloid来说，是很脆弱的存在，所以，他们很需要有Repliloid的保护。老朽为你改造了宇宙装甲的手部配件，拥有三段蓄力，并能提高攻击力，那么，快站上来穿上吧。”
（站上去，得到宇宙装甲（Astro Armor）的手部配件）
（若4个配件集齐了，就可以使用必杀：Singular Cabbala（奇点爆发）
※ ：Singular——奇点，黑洞里的奇点以及宇宙大爆炸深处的奇点。
※ ：Cabbala——卡巴拉，全称卡巴拉生命之树，又名倒生树，它被视为创造宇宙的蓝图。
（继续前进，进入气象塔内部）
Alia：“X，能听见吗？导航器就在顶部的控制室里。”
系统：“警报！警报！发现入侵者！发现入侵者！”
Alia：“糟糕了！现在防卫系统启动了，你们要小心那些电网，尽快到达塔顶的控制室，那么拜托了。”
（到达塔顶）
护盾蚌蛤：“护盾激光！”
Perseus：“不足为惧……接受神罚吧！”（降下霹雳击中护盾蚌蛤）
护盾蚌蛤：“呜啊啊啊啊啊！”
Perseus：“Irregular，就让我来给予你神罚吧…”
X：“住手！”
Perseus：“什么人？！”
护盾蚌蛤：“X……”
X：“这里交给我，你先走吧。”
护盾蚌蛤：“要小心他的‘神罚’…”（离开）
Perseus：“改造整个大气层的计划，就差一点了，让可爱的正负离子们在电离层里来回撞击，以使大气分子剧烈运动，自动净化空气，而可爱的堕雷们，则会寻找罪人，予以神罚。”
X：“神罚？你的意思是说，你是神吗？”
Perseus：“不，我不是神，我‘翔雷之Jupiter’的Perseus，作为十三使徒之一，将代替神明，对你进行天罚，接受审判吧！凡人呦！”（Warning）
（若被他打败）
Perseus：“不敬神明，这就是你的下场！在神明面前，坦诚你的罪孽吧！凡人呦！”
（打败他后）
Perseus：“呜啊！居然…能打败我Perseus……不愧是曾数次挫败Sigma野心的Repliloid啊……拥有Genesis力量的我们……是被神所选中的……当新世界……诞生之后……一切都将……大进化……呜啊！神啊啊啊——！！！！！”（大爆炸）
Alia：“成功了，现在那边的异常情况消失了，先回基地来吧。”（Mission Complete）
【X 得到Perseus 的 宙斯雷（Zeus Thunder）】
【Zero 得到Perseus 的 天罚（Tennobatsu）】
（剧情）
【Irregular Hunter HQ：指令室】
Alia：“这些是保存在档案仓库的X和Zero他们二人的资料，博士。”
Cain：“辛苦你了，Alia。”
Alia：“对了，博士，为什么，只有他们的资料不完全呢？”
Cain：“这个嘛……老朽也不清楚，不过，也许会很惊人……呵呵呵。”
Alia：“不过，眼下最头疼的还是Genesis呢，博士，没有什么办法抑制它吗？”
Cain：“抑制它的办法？这个嘛……也许，必要时，我们要启用Sigma病毒……”
Alia：“Sigma病毒？”
Cain：
“不错，所谓Sigma病毒，是源自于Repliloid自身的‘苦恼回路’，有了这个‘苦恼回路’，就会令拥有Genesis力量的Repliloid
们对自我意识产生动摇，对Genesis的能量产生干扰作用，但是，这也不失为一种以毒攻毒之法……咳、咳咳……”
Alia：“博士！？你怎么了，博士！？”
Cain：“咳…咳……Alia……老朽可能…时日无多了……必要时，告诉X和Zero，千万别伤害Abel，他是老朽……亲弟弟……”
Alia：“什么？！”
