【Stage5——古代废墟】
Alia：“X，能听见吗？看样子，前方的道路似乎被人特意设了密码锁呢，这样吧，你们就先找到附近的水晶，进去后就可以把密码锁解开了，那么，路上小心。”（Mission Start）
（进入第一个水晶，继续前进，遭遇中BOSS Vava）
Vava：“哼哼哼…我们又见面了，Repliloid Hunter。”
X：“Vava！这次觉悟吧！”
Vava：“呼哼哼…X啊，大爷我可没兴趣陪你过招，不过，要是你妨碍大爷考古的话，那么大爷我一定会好好教训你！”（Warning）
（若被他打败）
Vava：“大爷我如今可不是什么Irregular！看样子，你也不是那个…啊哈哈哈哈哈！老子在说什么胡话！？得快点把样本送去给Abel那臭老头。”
（打败他后）
Vava：“呃……哼哼哼…果然，不愧是X啊…这样惊人的战斗力……打得真痛快啊！啊哈哈哈哈！”（离开）
X：“………………”
（破坏掉水晶球之后，第一道密码锁解开了，返回去）
（进入第二个水晶，一直往下，遭遇中BOSS Rockman）
X：“那、那是……Rockman？！”
Rockman：“X，你太让我失望了。”
X：“这到底是……你不是已经…！？”
Rockman：“对，也许是Light博士修复了我。这次，我为了正义，一定会战斗到底！”（Warning）
（若被他打败）
Rockman：“我永远是正义的伙伴！永远无法取代！”
（打败他后）
Rockman：“呃……为、为什么……以Rockman的力量……还是无法打倒X吗？呜啊啊啊啊——！”（复制芯片飘出，变回杂兵，大爆炸）
X：“居然使用Rockman的复制芯片，不可原谅！”
（破坏掉水晶球之后，第二道密码锁解开了，返回去）
（进入第三个水晶，不停往左，路上找到密道，进去后找到万神装甲（Pantheon Armor）的手部配件）
Light：“X，曾经人们是那么地惧怕你，甚至连历史都抹除了。但如今，你替Rock做了许多Rock做不了的事，人们非常需要你，也许你能像光一样，照耀世间的黑暗。老朽为你改造了万神装甲的手部配件，穿上它你就能拥有超强的攻击力了，快站上来穿上吧。”
（站上去，得到万神装甲（Pantheon Armor）的手部配件）
（走出密道，继续往左，遭遇中BOSS：Dynamo）
Dynamo：“呀~是X啊，你也来这里寻宝吗？”
X：“我可不是来寻宝的，Dynamo，你们又在搞什么名堂？”
Dynamo：“什么名堂？这个嘛，要问问我的剑，那么，拿命来吧！X！”（Warning）
（若被他打败）
Dynamo：“看来最近你疏于练习了呢，这不像你的真实实力嘛，X！”
（打败他后）
Dynamo：“不错……不愧是X……不过，我不会就此罢休！给我记住！”（离开）
（破坏掉水晶球之后，第三道密码锁解开了，返回去）
（进入第四个水晶，不停往前，遭遇中BOSS：Repliloid木乃伊，打败它之后，破坏掉水晶球，返回去，
全部的密码锁就都解开了，之后进入BOSS房间）
Pan：“快点告诉我吧，陨石到底落在哪里？”
指令蜻蜓：“无可奉告！”
Pan：“看来，非得让你吃点苦头不可了，你这只苍蝇！”
指令蜻蜓：“蜻蜓列队！突击！”
Pan：“哼，像蚊子叮，嗡嗡地可真是烦人啊，大地…！”
X：“住手！”
指令蜻蜓：“呃……X啊……千万别把陨石的地点告诉他……”
X：“陨石？”
Pan：“要不，怎么可能会有如今的科技文明呢？Repliloid也不可能诞生，一切都是那时候的陨石，带来的契机啊……要是得到了陨石，Abel教授一定会很高兴的吧。在此之前，我得先消灭苍蝇。”
X：“他不叫苍蝇！蜻蜓，你先走！”
指令蜻蜓：“交给你了……X……”（离开）
Pan：“哼，看来，我必须先把你干掉，再去找陨石了。就让我‘土烈之Saturn’的Pan，让你领受大地女神的怒吼吧！”（Warning）
（若被他打败）
Pan：“和Noah大人说的差远了，看来，你不是真的X。不过没有人再妨碍我找陨石了！”
（打败他后）
Pan：“呃…真强……难道……你就是……这不可能……！你应该早就……呃啊啊啊——！！！”（大爆炸）
Alia：“X，那边检测到非常异常的能量反应！”
X：“什么？！”
Vava：“啊哈哈哈哈哈哈！打得不错嘛，X。”
X：“Vava！那、那是…陨石？！”
Vava：“这块陨石，大爷我带走了！再见！啊哈哈哈哈哈哈！”（扛着陨石飞走）
Alia：“异常能量消失了，不过，好奇怪，那么突然……”
X：“说不定和那块陨石有关。”
Alia：“陨石？看样子，我们对那片区域了解得还太少了，现在异常解除了，你们先回基地来吧。”（Mission Complete）
【X 得到Pan 的 地震波（Earth Wave）】
【Zero 得到Pan 的 盖亚冲（Gaiaoki）】
（剧情）
【Irregular Hunter HQ：修复室】
Signas：“自上一次战斗之后，Axl就一直在沉睡中，现在情况如何了呢？”
（走到Axl沉睡的胶囊前）
修复员：“总监，Axl他虽然伤得很重，但他自我修复得也很好，可是很奇怪，Axl的数据出现了黑洞。”
Signas：“黑洞？”
修复员：“是，不过这不妨碍我们的修复工作，我相信再过数月，Axl就可以复苏。”
Signas：“这样就最好……”
【Genesis研究所：副所长室】
Noah：“Vava，这次真是辛苦你了，Abel教授很满意你找来的陨石。”
Vava：“那么，找到陨石之后，Abel教授就会答应把我变成最强的Repliloid吗？！”
Noah：“当然，不过你还得帮我们一个忙。”
Vava：“什么忙？”
Noah：“让Sigma从世上……彻底消失……”
Vava：“Sigma？！”
Noah：“怎么了？”
Vava：“没什么…可是，一直妨碍我们的不是X和Zero吗？！”
Noah：“X、Zero，的确很碍眼，但相对而言，拥有抑制Genesis力量的Sigma，才是我们需要对付的。”
Vava：“了解！”（离开）
Dynamo：“Noah大人，让Vava去做这样的事，你放心吗？毕竟Sigma曾是Vava的…”
Noah：“Dynamo，所以，我才让你，秘密监视Vava，Abel教授他，不喜欢脚踏两条船的Repliloid，你明白吗？”
Dynamo：“属下明白！”（离开）
