【Stage1——海底研究所】
Alia：“Zero，听见了吗？洋流调节装置在这座研究所的深处，但是要通往那里路上会遇到很多旋涡，你们一定要小心啊。”（Mission Start）
（通过旋涡地带之后，被中BOSS 章鱼 拦住，打败它后，继续往下前进）
Alia：“Zero，听见了吗？你们就快到达研究所的深处了。”
Zero：“了解！”
（到达最底部之后）
Zero：“！”
暴雨巨龟：“圆水斩！”
Cocytus：“哼哼哼哼”（发动攻击，巨大的浪涛打过来）
暴雨巨龟：“呃啊！”
Cocytus：“Irregular，就让我来送你一程吧！”
Zero：“住手！你的对手在这里！”
暴雨巨龟：“Z…Zero……”
Zero：“这里交给我，你受了这样重的伤得赶快治疗，先回去吧。”
暴雨巨龟：“好吧，那么，一定要阻止洋流调节装置。”（离开）
Cocytus：“原来你就是那个赤色战神，Zero啊。在下是十三使徒中的‘水浴之Mercury’的Cocytus。为了改变全球的海岸线，在下可是花了很多功夫调整了洋流调节装置呢。”
Zero：“那样做的话，陆地和海洋就全都完了！”
Cocytus：“不好吗？很快就有新的陆地和新的海洋了，但是，在此之前，在下必须先消灭你！”
Zero：“我没空跟你过招，快点停止洋流调节装置！”
（Warning）
（若被他打败）
Cocytus：“哼，不开化的渣滓就该淹没在这进化的怒涛中。冒犯海洋的家伙，就让你成为机械鱼的饲料吧！”
（打败他后）
Cocytus：“呃啊——！好…好强啊……真不愧是Zero……但你……阻止了我……也没法阻止……新世界的到来……总有一天……进化的浪潮将淹没全世界！啊啊啊啊啊啊——！！！！！”
（大爆炸）
Alia：“Zero，听见了吗？洋流调节装置就在你们的前方。”
Zero：“了解！”
（走上前，关掉洋流调节装置之后）
Alia：“Zero，听见了吗？现在海平面正在恢复正常，你们可以回基地来了。”
（Mission Complete）
【Zero 得到 Cocytus 的 龙王刃（Ryuoujin） 】
【X 得到 Cocytus 的 水龙炮（Water Dragon） 】
（剧情）
【Irregular Hunter HQ：研究室】
Cain：“Zero，暴雨巨龟他，受了很重的伤，现在正在修复室里面接受治疗。”
Zero：“但是，他怎么会在那种地方？”
Gate：“是我派他去的，Zero。”
Zero：“Gate！？”
Gate：“Cain博士为了阻止Abel教授的野心，将我和我的手下全都复活了。现在，我的手下们正在奋力守护着那些区域。”
Zero：“难道，打伤暴雨巨龟的那家伙，是新的Irregular？”
Cain：“不，恰恰相反，他们和Irregular不同，是Abel仿照人类的资料设计的最接近人类的新型Repliloid。”
Zero：“最接近人类…？”
Gate：“我们分析，他们的暴乱可能和‘Genesis’有关。而且，Abel教授曾说过，他给我们七天时间考虑，意思就是……”
Zero：“意思就是世界将在七天之后毁灭？我绝不允许那样的事发生！”
